הקהילה היהודית-פורטוגזית מתגאה במסורת ובמנהגים שלה, בנות מאות שנים. הן באות לידי ביטוי בתפילות, אבל גם בצורת הלבוש, בדרכי ההתנהגות ואפילו בתחום המוסרי.
החלק הפנימי של האסנוגה בנוי במבנה מיוחד. החזן מוביל את המתפללים מהתיבה (אצל האשכנזים: הבימה). שנמצאת קרוב לכניסה ומול ההיכל (ארון הקודש בקילות אשכנזיות). מסביב לתיבה יש מעקה בעל כפתורי נחושת גדולים, המיועדים לתלית כיסויי ספרי התורה. בעת הימים הנוראים ספסלי החתנים ממוקמים מול ההיכל – בשמחת תורה חתן תורה וחתן בראשית יושבים עליהם.
באסנוגה הדברים אינם משתנים. עדיין מפזרים חול ברצפה כדי להשתיק את קול הצעדים , אין חימום ואין חשמל, ומקור התאורה היא מאות נרות בנברשות הנחושת הענקיות.
מאז שנת 1892 החזן יכול ללמוד את פרטי המסורת מתוך הספר ״סדר חזנות״ שחיבר החזן אואב ברנדון.
בשנות ה-40 במאה הקודמת החזן אברהם לופס קרדוזו הוסיף, בניו יורק, הערות לעותק שהיה בידו. החזן שלמה נונס נאבארו הקליט את כל השירים בשנות השישים, על שני תקליטורים.
הפרנסים חובשים כובע צצילינדר בבית הכנסת.
עד שנות השמונים הם לבשו חליפה בעת תפילות כל נדרי ובראש השנה,ובימים טובים לבשו חליפה בעלת שתי ״זנבות״ מצד הגב. הרב, מי שזכו במצווה וכמה מבאי בית הכנסת לבשו בתפילות יום טוב כובע צילינדר.
עד שנות השמונים הרב והחזן באסנוגה לבשו חליפה, שהייתה מורכבת ממכנסיים עד גובה הברכיים, מטפחת בצבע לבן מתחת לצוואר וכן כובע שחור בצורה מיוחדת. היום הם לובשים כובע צילינדר. בראש השנה התוקע בשופר חובש כובע משולש.
ליהודים הפורטוגזים באמסטרדם יש כללים קפדניים בענייני שחיטה. בפסח הם אוכלים אורז, ויש להם הרבה כללים שחורגים מהמסורת האשכנזית.
לפורטוגזים יש מספר צורות התנהגות שמכונים ״גרוידאדה״ (רצינות בפורטוגזית). הפורטוגזי אינו הולך, אלא צו, אינו צוהל, ומתרחק מהתנהגות גסה.
בבית הכנסת יש מספר מנהגים שמתקיימים עד עצם היום הזה: הליכה בתהלוכה, הרכנת ראש זה לזה ונפנוף יד לזולת בעת שמאחלים לו: חזק וברוך.
על האווירה המיוחדת בבית הכנסת משפיעה בין השאר גם מהירות הקריאה – הפורטוגזים קוראים בקצב איטי. בעבר אף דובר על קצב אטי מאוד. אין אצלם בקרה חברתית והם מכבדים את החיים הפרטיים של הזולת. זה מוסיף לאווירה הפתוחה והסובלנות שאנו מתגאים בה. מקבלים בסבר פנים יפות את החרדי ואת החופשי כאחד.
